, mientras que el también volante Bastian Schweinsteiger se mantiene como duda de cara al duelo en Marsella el jueves.
Alemania ya había descartado al delantero Mario Gómez por el resto del torneo tras sufrir un desgarro en el muslo derecho en la victoria ante Italia por penales en los cuartos de final. Tampoco podrá alinear al zaguero Mats Hummels por sanción.
«Vamos a tener que encontrar soluciones», dijo el técnico de Alemania Joachim Loew.
Khedira padece una molestia en la ingle izquierda, y Loew señaló el lunes que «estamos haciendo lo posible para que puede estar disponible para una posible final».
Schweinsteiger, cuya temporada fue truncada por dos graves lesiones en la rodilla, recibió un golpe en la misma rodilla contra Italia el sábado y sufrió un esguince de ligamento.
Julian Weigl (Borussia Dortmund) y Emre Can (Liverpool) asoman como los sustitutos en caso que Schweinsteiger, de 31 años, no pueda jugar.